個稅殘疾證人員系統不會自動減稅或免稅，并通過填寫減稅或免稅項目的詳細信息生成減稅信息。持有民政部門、殘疾人聯合會有效證件的殘疾人，符合條件的，可以享受減免個人所得稅的待遇。

法律依據：《中華人民共和國個人所得稅法》第五條，有下列情形之一的，可以減征個人所得稅，具體幅度和期限，由省、自治區、直轄市人民政府規定，并報同級人民代表大會常務委員會備案：

(一)殘疾、孤老人員和烈屬的所得；(二)因自然災害遭受重大損失的。國務院可以規定其他減稅情形，報全國人民代表大會常務委員會備案。

殘疾人繳納個人所得稅的計算方式？

根據《北京市財政局北京市地方稅務局關于殘疾、孤老人員和烈屬的所得減征個人所得稅問題的通知》(北京財稅[2006]947號)：持有區縣以上民政部門、殘聯有效證件或證明的烈屬、孤寡老人和殘疾人取得的下列所得，分別享受減免個人所得稅的優惠政策：

1、個人取得的工資、薪金所得；稿酬所得；勞務報酬所得；特許權使用費所得，按應納稅額減征個人所得稅50%。

2、獨立從事生產、經營的個人取得生產、經營的個體工商戶，按應納稅額減征100%的個人所得稅。

3、個體工商戶對從事生產、經營的個人取得的生產、經營收入，需要雇傭從業人員從事生產、經營，從業人員中殘疾人比例超過30%的，按照應納稅額100%減征個人所得稅。