邊牧的眼睛大多是棕色和藍色,但需要注意的是,只有隕石色邊牧出現藍眼才不算失格,因此邊牧主要分為棕色雙瞳、藍色雙瞳、以及藍棕色的鴛鴦眼。隕石色邊牧之所以會出現藍眼,主要是因為它遺傳了一種稀釋基因,能夠減淡某一部位的色素,因此隕石色邊牧不僅會出現斑塊狀的淺色毛發,還經常出現藍眼、粉鼻等,這都是正常情況。
總的來說,大多數邊牧的眼睛都是棕色,是看起來接近黑色的深褐色,而隕石色邊牧雖然有藍眼,但它也存在一定的基因缺陷,導致它的后代可能比較容易出現夜盲、失明等疾病,因此一定不要讓兩只隕石色的邊牧配種,最好是尋找其他顏色,才能保證后代的身體健康。但邊牧的藍眼也要與小時候狗狗普遍存在的藍膜相區分,因此最好是等到狗狗六個月大后,藍膜消退在進行判斷。