細菌和真菌是微生物界的重要成員，盡管兩者共享“菌”字，但它們在多個方面存在著顯著差異。首先，從生物類型來看，細菌屬于原核生物，缺乏核膜包圍的細胞核，而真菌則屬于真核生物，具有完整的細胞核。細菌是單細胞生物，而真菌則可以是單細胞也可以是多細胞。其次，細菌和真菌在細胞結構上也有顯著區別。它們都擁有細胞壁、細胞膜和細胞質，但細胞壁的主要成分不同，細菌的細胞壁主要由肽聚糖構成，而真菌的細胞壁主要由幾丁質構成。此外，真菌擁有多種細胞器，如內質網、高爾基體、線粒體、中心體等，而細菌的細胞器僅限于核糖體。在細胞大小方面，細菌的原核細胞通常較小，直徑一般為1μm至10μm，而真核細胞較大，直徑一般為10μm至100μm。增殖方式上，細菌通過二分裂進行繁殖，這是一種原核生物特有的方式，而真菌則通過有絲分裂，包括出芽生殖和孢子生殖等方式。最后，從名稱上看，細菌的名稱往往包含描述其形態的字眼，如球菌、桿菌、弧菌等，而真菌的名稱則不包含這類描述。