大豆本身一般無毒，但在特定條件下可能產生有害物質。如果大豆發芽、霉變，會產生一些有毒成分。比如霉變的大豆可能滋生黃曲霉毒素，這是一種毒性極強的物質，有很強的致癌性，長期攝入低劑量黃曲霉毒素，可能引發肝臟慢性損傷，增加患肝癌等疾病風險；短期大量攝入，可導致急性中毒，出現肝實質細胞壞死等嚴重后果。未煮熟的大豆也存在毒性風險，其中含有胰蛋白酶抑制劑、皂素等抗營養因子。胰蛋白酶抑制劑會影響蛋白質消化吸收，大量食用未煮熟大豆后，可能出現惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道不適癥狀；皂素對胃腸道有刺激作用，同樣會引發上述不適。不過，這些毒性在正常烹飪，如充分煮熟后，大多可被破壞，人們食用正常處理的大豆制品通常是安全的。
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