耙耙柑放在冰箱里或常溫下保存都可行，各有利弊。常溫保存適合短時間存放且數量不多的情況。將耙耙柑放在陰涼通風處，避免陽光直射和潮濕環境，能保存1 - 2周。這樣保存的耙耙柑，口感和風味基本不會改變，隨時可以取用，比較方便。不過，常溫下細菌等微生物繁殖相對較快，時間一長，耙耙柑容易變質腐爛。冰箱保存更適合想要延長保存時間的情況。把耙耙柑用保鮮膜或保鮮袋包好，放進冰箱冷藏室，溫度調至0 - 5℃左右，能保存2 - 3周。低溫環境可抑制微生物生長和呼吸作用，延緩果實衰老和變質。但從冰箱取出后，耙耙柑表面易因溫度變化產生水珠，若不及時處理，可能加速變質，而且冷藏后的耙耙柑口感可能會偏硬，甜度感覺上也會有所降低。
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