山西醫科大學汾陽學院與本部地理位置不同，辦學層次不同。1、地理位置不同：山西醫科大學位于山西省省會太原市，而山西醫科大學汾陽學院則位于山西省汾陽市。2、辦學層次不同：山西醫科大學是雙非大學中檔次較高的大學，而山西醫科大學汾陽學院是山西醫科大學下屬的二級學院之一，與公共衛生學院、基礎醫學院等二級學院是同一級別，擁有本科與研究生醫學高等教育為主的多層次人才培養體系。3、山西醫科大學是山西省唯一一所獨立建制的醫科大學，是全國首批碩士學位授權單位、全國首批學士學位授權單位，教育部首批“卓越醫生教育培養計劃”試點單位，全國開辦七年制臨床醫學專業的25所醫學院校之一，全國首批恢復兒科學本科專業的8所醫學院校之一，國家中西部高校基礎能力建設工程支持高校，學校前身是山西醫學傳習所，創建于1919年8月，1921年8月，改為山西醫學專門學校，1928年8月，更名為山西醫學專科學校，1932年1月，組建為私立山西川至醫學專科學校，1940年3月并入山西大學，稱作山西大學醫學專修科，1946年8月，升格為國立山西大學醫學院，1953年9月，獨立建校，更名為山西醫學院，1996年9月，更名為山西醫科大學。