執業藥師證的有效期為五年，每屆滿五年后需要進行一次延續注冊。一旦持證人員未在期限內進行延續注冊，執業藥師證將失效，無法繼續執業藥師相關工作。若想重新以執業藥師身份執業，需獲取足夠繼續教育學分。

首次注冊執業藥師需準備“執業藥師首次注冊申請表”，并提交《執業藥師資格證書》、身份證明復印件、近期一寸免冠正面半身照片5張、縣級（含）以上醫院出具的本人6個月內的健康體檢表、執業單位證明、執業單位合法開業的證明復印件及《執業藥師首次申請表》一式兩份。

取得執業藥師資格證書后，可隨時申請注冊，無規定必須在特定時間內完成注冊。但若在取得執業藥師資格證書一年后申請注冊，還需提供《執業藥師繼續教育登記證書》。執業藥師需每年參加繼續教育。

取得執業藥師資格證書僅證明具備執業藥師資格，注冊后方能以執業藥師身份執業。未注冊時，無法以執業藥師身份執業。持有執業藥師資格證書，若暫時無需使用，可暫不注冊。證書全國通用，長期有效。

若日后需以藥師身份上崗執業，需先注冊成為執業藥師。注冊部門可能要求提供考書后的繼續教育證明。