故事發生在日本的室町時代，阿席達卡（アシタカ）所在的部落蝦夷族位于日本的東北部。一天，一個從西方來的邪神要侵略阿席達卡所在的村莊，這個邪神是由受了詛咒的野豬神變成的。在邪神步步緊逼的情況下，阿席達卡挺身而出，雖然他打死了野豬神，但自己也中了邪神的詛咒，生命垂危。為了破解詛咒和拯救自己，阿席達卡遵循巫婆的指示，前往西方尋找真相。在旅途中，他聽說麒麟森林的守護神——麒麟獸（山獸神或鹿神）可以解開這個魔咒，于是他向麒麟森林出發。途中，他救了兩個掉入山谷的運輸鐵礦石的人，并首次遇見了珊。這兩個人是幻姬大人的煉鐵場的人，幻姬大人的鐵工場位于麒麟森林附近。為了開采礦石，幻姬大人的人破壞森林，攻擊森林中保護自己世界的動物，因此與森林中的動物有仇，特別是白狼神（犬神）。阿席達卡把這兩個人送回鐵工場，并在那里揭開了野豬神被詛咒的真相：幻姬大人用火槍進攻森林，守護森林的野豬神·名護之神因中了她的火槍彈而變成邪魔。阿席達卡還發現幻姬大人為了殺掉麒麟獸，占領麒麟森林，發明了一種強大的火槍。在那晚，珊襲擊了鐵工場，她其實是由白狼神養大的人類的女兒。在敵眾我寡的情況下，珊形勢危急，但阿席達卡決心救她，結果中了一槍，生命垂危。珊救活了阿席達卡后，對他充滿敵意，但最終被他的真誠和勇敢所感動。傷勢嚴重的阿席達卡決定帶他去麒麟森林尋求救治。麒麟獸救活了阿席達卡。此時，深受人類干擾的野豬群決心與人類拼死一爭，拯救自己的家園森林。珊熱愛森林，想保護森林的守護者（野豬群），因此離開了阿席達卡，投入了野豬群與幻姬大人和武士的聯軍的戰斗中。幻姬大人他們目標并非消滅野豬群，而是以它們為誘餌找到麒麟獸并消滅它。另一方面，在幻姬大人帶領男兵去消滅麒麟獸時，她的鐵工場受到了天朝武士的攻擊，守城的只有女人。在鐵工場岌岌可危時，阿席達卡趕到了。原來他在離開珊后也受到了朝廷散兵的攻擊。他在鐵工場外得知幻姬大人攻擊麒麟森林去了，為了拯救麒麟獸和珊，同時也為了通知幻姬大人回來救她的工場，他再次朝麒麟森林出發。幻姬大人與野豬群的一戰，野豬群幾乎全軍覆沒，只剩野豬神乙事主、珊和白狼神。他們正在撤向麒麟獸安身的小島。幻姬大人和武士軍隊為了找到麒麟獸，他們穿上野豬皮，涂上野豬血，以掩蓋他們人的身份，跟蹤撤退的野豬神和珊。快到麒麟獸所在的小島時，軍隊圍住了野豬神和珊，并攻擊他們。憤怒的野豬神即將變成邪魔，珊為了救它也將受到牽連。剛趕到的阿席達卡想要救珊，卻力不從心。形勢不可挽回時，麒麟獸出現了，它超度了野豬神的生命，制止了它變成邪神。在白狼神的幫助下，阿席達卡解救了珊。幻姬大人趁機將麒麟獸的頭射下來，憤怒的麒麟獸開始吸收生命以找回它的頭。白狼神見狀，奮勇一搏，咬掉了幻姬大人的一只胳膊，隨后死亡。阿席達卡和珊為了救森林，終于幫麒麟獸奪回了它的頭。頭失而復得的麒麟獸在太陽升起時倒地而亡，瞬間為大地帶來了新的生機。