1.最直觀差別，農商行設董事會，按照股份數量決定投票權；農信社、農合銀行設立理事會，所有理事的投票權平等。2.農商行是資合公司，以出資為權限；農信社與農合銀行有很大的“人頭”股的性質。3.農村信用合作社(Rural credit cooperatives，農村信用社、農信社)，是指經中國人民銀行批準設立、由社員入股組成、實行民主管理、主要為社員提供金融服務的農村合作金融機構。4.農村商業銀行(Rural commercial bank) 是由轄內農民、農村工商戶、企業法人和其他經濟組織共同入股組成的股份制的地方性金融機構。簡單來說農村信用社是初級版本，農村商業銀行中級版本，高級版本就是城市商業銀行和全國銀行。農村商業銀行、農村合作銀行和農村信用社在設立條件、股權設置、法人治理結構和服務重點等方面都各不相同。1）設立條件：注冊資本金、資本充足率、資產規模、資產質量等方面均有不同要求。2）股權設置：農村商業銀行的股本劃分為等額股份，同股同權、同股同利;農村合作銀行股權分為資格股、投資股兩種股權，資格股實行一人一票，投資股每增加一定額度就相應增加一個投票權。3）法人治理：股東大會是農村商業銀行的權力機構，同時設置董事會、監事會和經營管理層，農村合作銀行權力機構是股東代表大會，股東代表由股東選舉產生，同時設置董事會、監事會和經營管理層。農村信用社為入股社員服務，實行民主管理，社員一人一票。法人治理上，社員代表大會是權力機構，社員代表由社員選舉產生，同時設置董事會、監事會和經營管理層。4）服務重點：雖然三者都是主要為轄區內農業、農民和農村經濟發展服務，但由于農村商業銀行是在經濟相對發達地區組建，農業比重較低，因此，在滿足"三農"需要的前提下，還需要兼顧城鄉經濟協調發展的目標。農村信用社的服務對象則更多地側重于農戶。