七個縣，沒有區。甘南州有一個縣級市和七個縣，分別是：合作市：是甘南州的州府所在地，也是全州的政治、經濟、文化、科技和金融中心。合作市下轄四個街道辦事處和六個鄉，總面積2670平方千米。臨潭縣：是甘南州的東部門戶，也是甘南藏族自治州成立的地方。臨潭縣下轄三個鎮和十三個鄉，總面積1557.7平方千米。卓尼縣：是甘南州的最大縣，也是中國最大的藏族聚居縣之一。卓尼縣下轄三個鎮和十五個鄉，總面積5694平方千米。舟曲縣：是甘南州的重要農業縣，也是中國最大的馬鈴薯生產基地之一。舟曲縣下轄兩個鎮和十八個鄉，總面積3010平方千米。迭部縣：是甘南州的重要畜牧業縣，也是中國最大的藏羊生產基地之一。迭部縣下轄一個鎮和十一個鄉，總面積5108平方千米。瑪曲縣：是甘南州的重要生態保護區，也是中國最大的高原濕地之一。瑪曲縣下轄兩個鎮和八個鄉，總面積10191平方千米。碌曲縣：是甘南州的重要旅游景點，也是中國最大的藏傳佛教格魯派寺院之一。碌曲縣下轄兩個鎮和七個鄉，總面積5299平方千米。夏河縣：是甘南州的重要文化中心，也是中國最大的藏戲表演基地之一。夏河縣下轄三個鎮和十三個鄉，總面積6274平方千米。