掃描電鏡樣品要求有形貌形態，要耐高真空、樣品表面不能含有有機油脂類污染物、樣品要是干燥的、樣品表面可以導電等等。

1、形貌形態，要耐高真空

掃描電鏡是靠電子束掃描物體表面來成像的?？諝獾拇嬖跁沟碾娮邮冃?，影響掃描效果，所以被測樣品比較能耐高真空。

2、樣品表面不能含有有機油脂類污染物

油污在電子束作用下容易分解成碳氫化物，對真空環境造成很大污染。樣品表面細節被碳氫化合物遮蓋；碳氫化合物降低了成像信號產量；碳氫化合物吸附在電子束光路引起很大象散；碳氫化合物被吸附在探測器晶體表面，降低探測器效率。對低加速電壓的電子束干擾嚴重。

3、樣品要是干燥的

水蒸氣會加速電子槍陰極材料的揮發，從而很大降低燈絲壽命；水蒸氣會散射電子束，增加電子束能量分散，從而增加大的色差，降低分辨能力。

4、樣品表面可以導電

樣品表面要可以導電，如果不能導電，則要鍍金以增加導電性。在大多數情況下，初級電子束電荷數量都大于背散射電子和二次電子數量之和，因此多余的電子要導入地下，即樣品表面電位要保持在0電位。

樣品的初步處理方法：

1、取材

掃描電鏡來說，樣品可以稍大些，面積可達8mm×8mm，厚度可達5mm。對于掃描電鏡易卷曲的樣品如血管、胃腸道粘膜等，可固定在濾紙或卡片紙上，以充分暴露待觀察的組織表面。

2、樣品的清洗

用掃描電鏡觀察的部位常常是樣品的表面，即組織的游離面。由于樣品取自活體組織，其表面常有血液、組織液或粘液附著，這會遮蓋樣品的表面結構，影響觀察。因此，在樣品固定之前，要將這些附著物清洗干凈。

3、固定

固定所用的試劑和透射電鏡樣品制備相同，常用戊二醛及鋨酸雙固定。由于樣品體積較大，固定時間應適當延長。也可用快速冷凍固定。

4、脫水

樣品經漂洗后用逐級增高濃度的酒精或丙酮脫水，然后進入中間液，一般用醋酸異戊酯作中間液。