iCLIP技術(shù)是一種用于表征RNA結(jié)合蛋白與RNA交互作用的高通量測序方法。

能夠以亞單核苷酸分辨率定義RNA和蛋白質(zhì)交互位點(diǎn)。iCLIP技術(shù)可以在細(xì)胞中用紫外線刺激將RNA和蛋白質(zhì)交互結(jié)合的位點(diǎn)上進(jìn)行交聯(lián)，并且通過RNA免疫分離和蛋白質(zhì)酶切等步驟來純化RNA和結(jié)合的蛋白質(zhì)。在純化后的樣品中使用RT-PCR擴(kuò)增RNA序列，并使用高通量測序技術(shù)來進(jìn)行測序，從而確定RNA序列和與之結(jié)合的蛋白質(zhì)序列。

通過iCLIP技術(shù)，可以定量測定RNA序列上與蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)、準(zhǔn)確定位RNA剪接和RNA編輯位點(diǎn)，以及鑒定與RNA調(diào)控相關(guān)的新的蛋白質(zhì)結(jié)合因子等內(nèi)容。iCLIP技術(shù)可以用于分析RNA和蛋白質(zhì)之間的各種交互作用，從而揭示RNA在基因表達(dá)調(diào)控、剪接調(diào)控、RNA編輯和其他RNA調(diào)控過程中的作用機(jī)制。

中國iCLIP技術(shù)瓶頸：

核酸接頭是整個(gè)iCLIP實(shí)驗(yàn)中最核心的關(guān)鍵物質(zhì)之一。它能夠引導(dǎo)DNA（與RNA對(duì)應(yīng)）富集從頭開始，把特定序列變多并被探測到，最終“撈出海面”，這就好比放出個(gè)“信號(hào)智能追蹤器”，精確匹配、忠誠錨定序列末端是對(duì)它的基本要求。

國內(nèi)的方法是設(shè)計(jì)隨機(jī)引物，廣撒薄收，總會(huì)撞上某一段。但隨機(jī)引物接不上RNA和蛋白質(zhì)結(jié)合的位點(diǎn)，必須特別設(shè)計(jì)從頭開始的接頭合成對(duì)應(yīng)的DNA鏈，把RNA“拓印”下來，進(jìn)行測序。

“特別設(shè)計(jì)”在某些實(shí)驗(yàn)中體現(xiàn)為預(yù)腺苷化、磷酸化的處理，但在國內(nèi)買不到此類“接頭”。事實(shí)上，在擁有雄厚技術(shù)實(shí)力、大量知識(shí)產(chǎn)權(quán)的大公司的國家，基因測序公司提供包括接頭合成在內(nèi)的服務(wù)，中國國內(nèi)卻找不到。