北交所與滬深交易所錯位發展，具體體現在以下幾個方面：1、組織制度不同，北交所與滬深交易所為促進形成各有側重、相互補充的中國特色多層次資本市場體系，北京證券交易所將堅守服務創新型中小企業的初心和使命，堅持差異化的制度安排，突出市場特色，處理好與滬深交易所錯位發展和互聯互通的關系。2、服務對象不同，在市場功能方面，北京證券交易所聚焦創新型中小企業，服務對象“更早、更小、更新”，通過構建新三板基礎層、創新層到北京證券交易所層層遞進的市場結構，充分體現市場包容性和服務精準性，強化各市場板塊之間的功能互補，不斷擴大資本市場覆蓋面，提高直接融資比重。3、 在制度安排方面，北京證券交易所著力構建契合中小企業特點的基礎制度，堅持上市公司從符合條件的創新層企業中產生。同時，北京證券交易所堅持向滬深交易所的轉板機制，充分發揮紐帶作用，強化多層次資本市場互聯互通。4、 在市場運行方面，北京證券交易所堅持以合格投資者為主，投資者結構和風險偏好與滬深交易所有較大差異，與創新型中小企業的風險特征相匹配，將形成長期投資、理性投資的投資文化，預計整體市場運行相對平穩。從新三板企業角度來看北交所上市與滬深交易所的區別，主要有以下方面：一是北交所的上市門檻會稍微低一些。對于本身在新三板市場的企業來說，企業可以根據自身的情況，選擇去北交所上市還是去滬深交易所上市，北交所上市的上市門檻大概在3000萬元凈利潤左右，而滬深交易所的上市門檻大概在5000萬元凈利潤左右。二是北交所新發的股份比較靈活。對于發行后低于4億股的新三板企業來說，只要發行后社會公眾股不少于25%的比例，新三板企業去北交所上市最低可以只發行100萬股；而新三板企業去滬深交易所上市至少要新發行25%的股份。對于控股股東持股比例較低的新三板企業來說，北交所上市就很有吸引力，可以較低的稀釋股份獲得一個上市公司身份。三是從上市時間來看，北交所上市排隊較少。目前，新三板企業去滬深交易所上市，從申報到上市大概需要一年左右的時間，而新三板創新層企業去北交所，從申報到上市大概半年左右。四是從發行估值和發行方式來看。目前，精選層（未來的北交所）的發行市盈率大概平均32倍，比科創板33倍稍低一點，但高于創業板；此外，北交所的發行方式比較多元，有詢價發行、競價發行也有直接定價發行，而科創板和創業板主要是詢價發行（大家知道科創板和創業板的定價主要掌握在大機構的手中，企業和保薦機構只能被動接受。