區別在于它們各自的目的和應用場景不同。1.普通PCR引物設計的主要目標是確保引物與模板DNA的序列互補，以便在PCR反應中可以有效地擴增出目的片段。因此，對于普通PCR引物來說，設計的關鍵在于選擇與模板DNA的特定區域互補的序列，一般要求引物長度在15-30bp之間，上下游引物不能相差太大，且引物自身不能有連續4個堿基的互補，引物之間不能有連續4個堿基的互補等。2.基因突變引物設計則是為了在已知基因序列的基礎上，對特定位置的堿基進行有目的的替換，通常是為了研究某個基因的關鍵功能域，甚至具體到某個氨基酸位點的作用。因此，突變引物設計的關鍵在于盡量突變較少的堿基數目以使氨基酸發生更改。例如，如果需要將編碼Ala的密碼子GCC突變為GCC（即不改變氨基酸），則需要改動1個堿基。