強恕堂酒的獨特制曲工藝源于20世紀80年代初。那時，強恕堂的創始人將大曲釀酒秘方帶到臺灣后，結合本地氣候和環境特色，對制曲工藝進行了改進和創新，發展出了純手工制作大曲的多糧特色工藝。強恕堂酒的酒曲質量與桓臺縣獨特的微生物群系密不可分，這形成了它獨有的質量風格。自1998年起，強恕堂酒使用美國BIOLOG公司的全自動微生物鑒定儀對曲藥微生物群落進行研究，發現其制曲環境中的霉菌和細菌含量較相鄰地區高出9.5%和5.8%，這一發現對于提升酒曲質量具有重要意義。研究還表明，這些霉菌不僅糖化力高，而且酯化合成能力也很強，是其他霉菌的10倍。窖泥是強恕堂酒釀造過程中的關鍵。其獨特的白酒風格，除了得益于特定的自然環境，還歸功于窖泥質量的獨特性。強恕堂酒的古窖泥源自清末初創時期，采用桓臺馬踏湖池底泥和特有的褐土精心培育。這些古窖泥經過數年的變化，表現出灰白、烏黑再到灰白的顏色轉變，其中含有豐富的紅綠菌群。目前，強恕堂古窖泥的池齡至少60年，最長近百年。這些窖泥富含本地土壤有機物質，有利于釀酒微生物的生長，微生物在發酵過程中起到提升酒香、甜味和醇厚感的作用。強恕堂酒采用的小石窖結合古窖泥發酵，石窖由青條石砌成，內部覆蓋古窖泥。這樣的結構使古窖泥在石窖中發酵時更加柔軟細膩，富含營養，不滲水，不漏氣，細菌數量豐富，尤其是梭狀芽胞桿菌。與山東輕工業學院生物所的合作分析顯示，強恕堂窖泥中含有大量己酸菌、甲烷菌，以及少量的丁酸菌、丙酸菌等微生物種群。