掃描電鏡和透射電鏡的區別在結構、基本工作原理和對樣品的要求上。

1、結構差異

主要體現在樣品在電子束光路中的位置不同。透射電鏡的樣品在電子束中間，電子源在樣品上方發射電子，經過聚光鏡，然后穿透樣品后，有后續的電磁透鏡繼續放大電子光束，最后投影在熒光屏幕上。

掃描電鏡的樣品在電子束末端，電子源在樣品上方發射的電子束，經過幾級電磁透鏡縮小，到達樣品。當然后續的信號探測處理系統的結構也會不同，但從基本物理原理上講沒什么實質性差別。

2、基本工作原理

（1）透射電鏡：電子束在穿過樣品時，會和樣品中的原子發生散射，樣品上某一點同時穿過的電子方向是不同，這樣品上的這一點在物鏡1~2倍焦距之間，這些電子通過物鏡放大后重新匯聚，形成該點一個放大的實像，這個和凸透鏡成像原理相同。

這里邊有個反差形成機制理論比較深就不講，但可以這么想象，如果樣品內部是絕對均勻的物質，沒有晶界，沒有原子晶格結構，那么放大的圖像也不會有任何反差，事實上這種物質不存在，所以才會有這種儀器存在的理由。

（2）掃描電鏡：電子束到達樣品，激發樣品中的二次電子，二次電子被探測器接收，通過信號處理并調制顯示器上一個像素發光，由于電子束斑直徑是納米級別，而顯示器的像素是100微米以上，這個100微米以上像素所發出的光，就代表樣品上被電子束激發的區域所發出的光。

實現樣品上這個物點的放大。如果讓電子束在樣品的一定區域做光柵掃描，并且從幾何排列上一一對應調制顯示器的像素的亮度，便實現這個樣品區域的放大成像。

3、對樣品要求

（1）掃描電鏡

SEM制樣對樣品的厚度沒有特殊要求，可以采用切、磨、拋光或解理等方法將特定剖面呈現出來，從而轉化為可以觀察的表面。這樣的表面如果直接觀察，看到的只有表面加工損傷，一般要利用不同的化學溶液進行擇優腐蝕，才能產生有利于觀察的襯度。

不過腐蝕會使樣品失去原結構的部分真實情況，同時引入部分人為的干擾，對樣品中厚度極小的薄層來說，造成的誤差更大。

（2）透射電鏡

由于TEM得到的顯微圖像的質量強烈依賴于樣品的厚度，因此樣品觀測部位要非常的薄，例如存儲器器件的TEM樣品一般只能有10～100nm的厚度，這給TEM制樣帶來很大的難度。初學者在制樣過程中用手工或者機械控制磨制的成品率不高，一旦過度削磨則使該樣品報廢。

TEM制樣的另一個問題是觀測點的定位，一般的制樣只能獲得10mm量級的薄的觀測范圍，這在需要精確定位分析的時候，目標往往落在觀測范圍之外。

透射電鏡的用途：

透射電子顯微鏡在材料科學、生物學上應用較多。

由于電子易散射或被物體吸收，故穿透力低，樣品的密度、厚度等都會影響到最后的成像質量，必須制備更薄的超薄切片，通常為50～100nm。由于電子的德布羅意波長非常短，透射電子顯微鏡的分辨率比光學顯微鏡高的很多，可以達到0.1～0.2nm，放大倍數為幾萬～百萬倍。

因此，使用透射電子顯微鏡可以用于觀察樣品的精細結構，甚至可以用于觀察僅僅一列原子的結構，比光學顯微鏡所能夠觀察到的最小的結構小數萬倍。TEM在中和物理學和生物學相關的許多科學領域都是重要的分析方法，如癌癥研究、病毒學、材料科學，以及納米技術、半導體研究等等。

以上內容參考：百度百科-掃描電子顯微鏡

以上內容參考：百度百科-透射電子顯微鏡