電子發票會自動作廢的原因主要包括：操作失誤、系統錯誤以及超出使用期限。

一、操作失誤

在開具電子發票的過程中，如果操作人員沒有按照規定步驟或者注意事項進行，可能會導致發票作廢。例如，填寫發票信息時，抬頭、稅號等關鍵信息輸入錯誤，這張發票就無法使用，會自動作廢。

二、系統錯誤

電子發票系統本身也可能出現故障或錯誤，從而影響發票的正常使用。當系統出現錯誤時，可能會生成無效的電子發票，這些發票就會自動作廢。

三、超出使用期限

電子發票與紙質發票一樣，都有規定的開具和使用的期限。如果超出這個期限，電子發票可能就會自動作廢。因此，在收到電子發票后，應該及時查驗并使用，避免因為過期而作廢。

四、其他原因

此外，還有一些其他因素可能導致電子發票作廢，比如企業撤銷開票申請、稅務機關對開票系統進行調整等。這些情況下，電子發票也會自動作廢。為了避免電子發票作廢帶來的不便和損失，建議企業加強內部管理，提高操作人員的業務水平，同時密切關注稅務政策和系統的變化，及時進行調整和適應。