行政主官任免方式不同、機構地位重要性不同和機構性質略有差異的區別。1、行政主官任免方式不同。政府組成部門行政主官的產生程序，一般由政府提名，報請當地人大審議，并經人大常委會任命，才能正式上崗履行法定職責。免去職務同樣必須經人大履行任免程序。政府直屬機構的主官無須報請人大任免，直接由黨委組織部門和政府常務會通過任命即可。這是政府組成部門和直屬機構最本質的區別。2、機構地位重要性不同。政府組成部門因為是政府的“組閣”部門，一般都是“大局”、要害部門，比如發改委、財政局、自然資源局等，權重相對較大，地位普遍高于政府直屬機構，盡管，很多政府直屬機構在行政級別上并不低于政府組成部門。3、機構性質略有差異。政府組成部門都是行政單位，其機關在編人員使用行政編制，即是公務員；而直屬機構既有行政單位，也有事業單位，不一定全部是行政機關，編制性質上也不全部是公務員。最好查詢當地官方網站獲得第一手權威信息。