區別：

1、土地承包經營權糾紛，是土地承包者與農村集體經濟組織的糾紛；土地使用權糾紛，則是土地使用者與單位或者個人之間的糾紛。

2、土地承包經營權是不能繼承的，土地承包經營權屬于用益物權，只是占有、使用、和收益的權利，對土地沒有所有權，土地使用權是凡具備法定條件者，依照法定程序或依約定對國有土地或農民集體土地所享有的占有、利用、收益和有限處分的權利。

3、土地承包經營權確認糾紛是用于農業生產，土地使用權的確權糾紛是企業用地或者宅基地或者其他非農用地，如果是土地權屬糾紛，由國土資源局的地籍部門受理。

擴展資料：

征地制度

2013年全國兩會給土地改革定下清晰的方向與目標：加快農村土地征收改革與完善土地流轉制度;建立農村金融機制，制止地方土地生財。

兩會土地改革：農村土地確權保障農民權益

逐步建立城鄉統一的建設用地市場、實現農村集體經營性建設用地與國有土地享有平等權益成為他們共同的呼聲。

在本次政協會議的提案中，九三學社中央毫不諱言征地制度改革是一塊難啃但必須要啃的“硬骨頭”，稱“只要走好農村土地登記確權的第一步，改革條件就基本具備”。

實際上，這也已經成為中央高層和業內的共識。

加強土地承包經營權流轉管理和服務，發展適度規模經營。

關于此項工作的重要意義，國土資源部地籍管理司司長朱留華早前已給出明確答案。他表示，短期來看，農村集體土地確權登記可有效解決農村集體土地權屬糾紛，在城鎮化、工業化和農業現代化進程中切實維護農民權益。

長期來看，有助于依法確認和保障農民的土地物權，形成產權清晰、權能明確、權益保障、流轉順暢、分配合理的農村集體土地產權制度，是建設城鄉統一的土地市場的前提。

參考資料：百度百科-土地確權