如果由于土地存在爭議、糾紛等問題導致土地未能確權登記，待爭議解決之后，將可以進行確權登記。

但如果是存在以下三類情況，將不予確權，土地將會被收回：

1、未經許可開荒的土地

目前農村的開荒土地主要分為經過許可開荒和未經許可開荒，主要是以開荒土地時是否獲得農村集體組織或者當地政府部門的許多為依據，經過許可開荒的土地將與承包地一樣確權登記給開荒者。

而未經許可開荒的而土地，則不予確權，原則上交予開荒者繼續使用，待農村集體組織有其他規劃，則會收回其使用權！

2、違法占用耕地、基本農田作為宅基地建房

農民朋友修建房屋，必須獲得宅基地使用權證書，如果確權此項證書則屬于違規違法建房，如果是濫用耕地、基本農田，則不予確權登記，還將會被農村集體組織收回，重新分配。

3、廢棄、閑置宅基地

此類宅基地也將會被農村集體組織收回。

根據《確定土地所有權及使用若干規定》第二條：

土地權屬爭議，由土地管理部門提出處理意見，報人民政府下達處理決定或報人民政府批準后由土地管理部門下達處理決定。

第五十二條規定：空閑或房屋坍塌、拆除兩年以上未恢復使用的宅基地，不確定土地使用權。已經確定使用權的，由集體報經縣級人民政府批準，注銷其土地登記，土地由集體收回。

第五十八條規定：各級人民政府或人民法院已依法處理的土地權屬爭議，按處理決定確定土地所有權或使用權。

擴展資料：

現在的土地確權工作，是以戶為單位進行的，而不是以人為單位。這樣一來，也就預示著在土地確權完成之后，農戶家里的新增人口，新增人口包含新生兒、外來的媳婦等等情況，這些人就會沒有土地。

隨著如今農村城鎮化的發展，有很多農戶家里的土地在城鎮化的過程中被征收了，這些人雖然當時得到了一定的補償，但是卻永久的失去了土地。土地確權完成后，這些人也不能再次申請，也就永遠失去土地了。

現在很多在外打工掙了錢的農民工兄弟會選擇進城買房安家落戶，然后就退出了農村的土地。這種情況自然就不能享受農村的土地相關權益了，在確權之后，也不能再次申請土地，就永遠的脫離農村了。

參考資料：百度百科-土地確權

參考資料：百度百科-確定土地所有權和使用權的若干規定