就你的問題，根據2012年7月1日起實行的《黨政機關公文處理工作條例》的相關規定，暫且幫你分析如下：

1、申請立項的公文，包含請示或者商洽的內容，肯定不能用“報告”。“報告”是專門用于向上級說明情況的文種，報告中可以反映現有的問題，但請示和商洽性的內容是不能有的，《條例》中特別規定“報告中不得夾帶請示內容”。

2、就你所述的情況，屬于平級單位之間的公文，從文種選擇上應當是用“函”；但是在實踐中，很少有這么用的，下面會詳細說明；

3、實踐中，這種類型的公務，一般的處理程序是：申請立項單位向縣（區）政府提出請示—縣（區）政府批示發改委提出具體意見—發改委提出處理建議（同意或否）—區政府據此形成批復，復申請單位。

當然，工作中有時也確實會碰到一些不規范的要求，比如縣發改委明確要求申請立項街道向其發出請示（這主要是存在在一些主管職權范圍大而對公文管理和流轉又不是很較真部門，比如財政局、建設局等，筆者在鄉鎮工作時也遇到過），這種情況大家都明白，對方不懂（或者無視）公文的處理程序，雖然是平級單位，但畢竟有求于人，為了順利的完成工作，也只好配合一下“領導”了，“請示”一下也就算是照顧下面子吧，呵呵。但從公文的角度上講，這樣的“請示”不但于規定不符，而且會被人笑的，你明白。