農村集體土地承包經營權和使用權是具有密切聯系又有重要區別的不同概念。首先，土地承包經營權屬土地使用權的范疇，發包人對發包土地享有合法的土地使用權是向承包人發包土地的前提條件。土地本身權屬不清的，兩個以上發包方對同一塊土地向不同的承包方或均要求向同一承包方發包的，顯然案件的本質是土地使用權糾紛，如不確定誰是合法的土地所有者或者何方享有合法的土地使用權，則不能確定承包合同的有效性，所以應按土地管理法第十六條的規定，由人民政府先行處理。確定發包方的土地使用權人地位后，承包經營合同即具備了民事訴訟的條件。其次，土地承包經營權的核心內涵是承包人享有合法的土地使用權。這種合法使用權的具體表現在兩個方面。第一，發包方是發包土地的所有權人或者在發包前對發包土地享有合法的使用權，具備發包人的資格；第二，承包方的承包經營權是依法（政策、法律、合同）取得。合法取得了承包經營權，即對承包土地享有了合法的土地使用權。再次，提到土地使用權，更多層次是從行政管理的角度對土地資源進行劃分和確定，體現的多是國家對土地資源的管理和保護，主要依行政法調整；提到土地承包經營權時，更多層次是從民事合同的角度對民事主體公平享有土地資源進行調整和規范，體現的多是合同雙方在法律框架下的平等協商，意思自治，主要由合同法調整。如作為行政法的土地管理法第十六條規定土地所有權糾紛和土地使用權糾紛應由人民政府進行處理，而作為民法的農村土地承包法第五十一條規定，人民政府對土地承包經營糾紛僅有調解權，無裁決權；國土資源部2003年公布施行的《土地權屬爭議處理暫行辦法》第十四條明確規定，農村土地承包經營權爭議案件不作為土地權屬案件受理；農村土地承包法、《最高人民法院關于審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》、農業部《農村土地承包經營權流轉管理辦法》均規定承包經營糾紛由相關部門調解、仲裁機構仲裁或人民法院受理，可見只有人民法院和涉農仲裁機構享有裁決土地承包經營糾紛的職權。土地承包經營糾紛應包括土地承包經營權屬糾紛，人民法院有權確定承包方的承包經營權，享有裁決土地承包經營權是否取得、沖突如何解決的審判職權。土地承包經營權就是公民集體對集體所有或國家所有由全民所有制或集體所有制單位使用的國有土地的承包經營權。該項權利的權利主體為公民或集體；權利客體為集體所有土地或國家所有由全民所有制單位或集體所有制單位使用的國有土地；權利內容由合同約定。土地使用權是農村集體經濟組織及其成員以及符合法律規定的其他組織和個人在法律規定的范圍內對集體所有的土地享有的用益物權。土地使用權不得出讓、轉讓或者出租用于非農業建設，但是符合土地利用總體規劃并依法取得建設用地的企業因破產、兼并等情形致使土地使用權依法發生轉移的除外。