根據《財政部關于企業收到政府撥給的搬遷補償款有關財務處理問題的通知》（財企[2005]123號）之規定：

一、企業收到政府撥給的搬遷補償款，作為專項應付款核算。搬遷補償款存款利息，一并轉增專項應付款。

二、企業在搬遷和重建過程中發生的損失或費用，區分以下財政部文件情況進行處理：

（一）因搬遷出售、報廢或毀損的固定資產，作為固定資產清理業務核算，其凈損失核銷專項應付款；

（二）機器設備因拆卸、運輸、重新安裝、調試等原因發生的費用，直接核銷專項應付；

（三）企業因搬遷而滅失的、原已作為資產單獨入賬的土地使用權，直接核銷專項應付款；

（四）用于安置職工的費用支出，直接核銷專項應付款。

三、企業搬遷結束后，專項應付款如有余額，作調增資本公積金處理，由此增加的資本公積金由全體股東共享；專項應付款如有不足，應計入當期損益。企業收到的政府撥給的搬遷補償款的總額及搬遷結束后計入資本公積金或當期損益的金額應當單獨披露。

公司應該按照上述規定進行相應的賬務處理。此外，對于搬遷發生的財產損失，應該報相應級別的稅務機關批準（具體取決于各地規定），才能準予稅前扣除。

擴展資料：

根據《國家稅務總局關于企業政策性搬遷或處置收入有關企業所得稅處理問題的通知》(國稅函〔2009〕118號)第二條的規定，企業取得的政策性搬遷或處置收入按4種不同的方式進行企業所得稅處理：

1、企業根據搬遷規劃，異地重建后恢復原有或轉換新的生產經營業務，用企業搬遷或處置收入購置或建造與搬遷前相同或類似性質、用途或者新的固定資產和土地使用權(以下簡稱重置固定資產)，或對其他固定資產進行改良，或進行技術改造，或安置職工的，準予其搬遷或處置收入扣除固定資產重置或改良支出、技術改造支出和職工安置支出后的余額，計入企業應納稅所得額。

2、企業沒有重置或改良固定資產、技術改造或購置其他固定資產的計劃或立項報告，應將搬遷收入加上各類拆遷固定資產的變賣收入、減除各類拆遷固定資產的折余價值和處置費用后的余額計入企業當年應納稅所得額，計算繳納企業所得稅。

3、企業利用政策性搬遷或處置收入購置或改良的固定資產，可以按照現行稅收規定計算折舊或攤銷，并在企業所得稅稅前扣除。

4、企業從規劃搬遷次年起的五年內，其取得的搬遷收入或處置收入暫不計入企業當年應納稅所得額，在五年期內完成搬遷的，企業搬遷收入按上述規定處理。

根據上述規定，只要企業符合以下兩個條件，取得的搬遷補償收入可不用在當年確認收入，視搬遷進展情況，可在規劃搬遷次年起五年內確認收入。

參考資料：百度百科——拆遷補償費