有機肥是經過無害化處理殺滅了有害病菌、病毒、蟲卵、雜草種子，在短時間內對有機蛋白進行分解和轉化，保留能夠改善土壤理化性狀的有益微生物，無臭味，易運輸的商品肥料。農家肥是糞便、廄肥或農作物秸稈等堆制而成的有機肥料。它無害化程度低、殘留有大量的有害病菌、病毒、蟲卵、雜草種子，易燒根苗，不易被作為商品肥料銷售。商品生物有機肥：商品化生產的生物有機肥，是農家肥、堆肥、沼渣等商品化生產后的產物。是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、完全腐熟、蟲卵死亡率達到95%以上的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。與傳統的農家肥不同，商品化的有機肥不僅無臭無毒，還加入了功能性微生物菌種或無機肥，成為高效、持久、抗病的新型微生物有機肥和有機無機復混肥。