主要區別有，概念不同、工藝不同、用途不同、水質優缺點不同，具體如下：

一、概念不同

1、蒸餾水

蒸餾水是指經過蒸餾、冷凝操作的水。

2、自來水

自來水是指通過自來水處理廠凈化、消毒后生產出來的水，主要通過水廠的取水泵站汲取江河湖泊及地下水，地表水。

二、工藝不同

1、蒸餾水

蒸餾是一種熱力學的分離工藝，它利用混合液體或液-固體系中各組分沸點不同，使低沸點組分蒸發，再冷凝以分離整個組分的單元操作過程，是蒸發和冷凝兩種單元操作的聯合。

2、自來水

自來水是經過多道復雜的工藝流程，通過專業設備制造出來的飲用水。自來水的處理過程如下：

首先必須把水源從江河湖泊中抽取到水廠，然后經過混凝、沉淀、過濾、送入清水池并進行消毒后，由送水泵高壓輸入自來水管道，最終分流到用戶水龍頭。整個過程要經過多次水質化驗，有的地方還要經過二次加壓、二次消毒才能進入用戶家庭。

三、用途不同

1、蒸餾水

①、在生活中，一般和機器、電器相關的時候，蒸餾水的作用主要是它不導電，保證機器運行穩定，延長電器使用壽命。

②、在醫藥行業 ，蒸餾水的作用是因為低滲作用。用蒸餾水沖洗手術傷口。

③、學校里的化學實驗，有些需要用蒸餾水，利用的就是蒸餾水無電解質，沒有游離離子，或是沒有雜質。

2、自來水

供人們生活、生產使用的水。

四、水質優缺點不同

1、蒸餾水

蒸餾水的制作是把源水煮沸后令其蒸發冷凝回收，要大量耗費熱能，用于制作蒸餾水的源水中的其它遇熱蒸發物質，也就隨著蒸餾水的生成而冷凝到蒸餾水中。如對健康有害的酚類、苯化合物，甚至可蒸發的汞等。要想得到純凈水或超純水，必須經過二次、三次的蒸餾還得增加其它純凈手段。

同時，常飲蒸餾水就等于放棄了從水中獲得人體所需的微量元素的5%的來源。

2、自來水

自來水存在一些對身體有害物質，同時也含有人體所需的微量元素。

參考資料來源：百度百科-蒸餾水

參考資料來源：百度百科-自來水