為了防止蜂蜜結晶，可在60～65℃加熱30分鐘或在77℃保持5分鐘，然后快速冷卻。或用9千赫茲的高頻聲波處理15～30分鐘，也可起到抑制結晶的作用。

蜂蜜在常溫和常壓下，具有兩種不同物理狀態，即液態和結晶態。液態蜜也就是蜂蜜從蜂巢中分離出來并始終保持著透明或半透明黏稠狀的液體。然而多數品種蜂蜜放置一段時間后，尤其在氣溫較低時，逐漸形成結晶態，這樣蜂蜜稱為結晶蜜。

結晶是由于蜂蜜中所含葡萄糖具有易結晶的特性，所以結晶蜂蜜并沒有降低其營養價值和天然食品的本性，是純粹的物理現象。

蜂蜜儲存時應放在陰涼、干燥、清潔、通風處。溫度保持在5～10℃。空氣濕度不超過75%的環境中。裝蜂蜜的容器要蓋嚴，防止漏氣，減少蜂蜜與空氣接觸。

蜂蜜保存宜放在低溫避光處，最好放入冰箱內低溫保存，不宜陽光直射，通常保質期為18個月。由于蜂蜜是屬于弱酸性的液體，能與金屬起化學反應，在貯存過程中接觸到鉛、鋅、鐵等金屬后，會發生化學反應。因此，應采用非金屬容器如陶瓷、玻璃瓶無毒塑料桶等容器來貯存蜂蜜。 蜂蜜在貯存過程中還應防止串味、吸濕、發酵、污染等。