海南食品藥品技工學校提供豐富多樣的專業選擇，旨在培養專業技能人才。其中，藥物制劑技術、食品營養與檢測、藥品經營與管理、藥物分析技術、中藥學、藥學、醫療器械維護與管理、生物制藥技術、化學制藥技術、藥劑設備制造與維護等專業均受到高度評價。藥物制劑技術專業在2016年被評為首批健康服務類示范專業，展現其在該領域內的突出地位。此外，藥品經營與管理專業在2015年被列為專本貫通分段培養專業，與山東中醫藥大學銜接，提供本科學歷教育機會。2010年，藥物制劑技術專業成為省級特色專業，隨后食品營養與檢測、藥物分析技術、中藥學等專業相繼在2011、2012、2013年入選，展現出學校在不同專業領域的卓越成就。2016年，中藥學現代學徒制與藥物制劑技術現代學徒制項目啟動，標志著學校在實踐教學上的創新與深化。2019年，學校被評為省特色高水平專業群：藥品服務類專業群，進一步鞏固了在藥品服務領域的領先地位。此外，中藥學、藥學、藥品經營與管理、醫療器械維護與管理等專業在2019年被評定為國家級骨干專業，彰顯了學校在培養高端專業人才方面的杰出貢獻。