截止2019年4月12日，南京長途汽車站有南京馬群汽車站，南京中華門汽車站，南京葛塘客運站，南京汽車客運站，高淳汽車客運站。

1、馬群汽車客運，隸屬南京交運集團，位于馬群萬家樓118號，是南京八大汽車客運站之一。我站日發上海、蘇州、無錫、常州、鎮江、金壇、丹陽、揚中、句容及蘇北地區班車。

2、南京中華門長途汽車客運站位于南京市集合村路，是二等客運站，重要車型有金龍大客、依維柯、亞星大客、宇通。

3、南京葛塘汽車客運站的前身是南京大廠葛塘客運站，該站位于沿江工業開發區境內雍莊立交與葛塘立交之間，該站依靠南京長客集團公司充足的班線資源和車輛運能保障，目前已定位為南京市九大客運站之一。

4、南京汽車客運站位于南京市玄武區紅山路1號，比鄰南京火車站北站房，位于紅山南路以南，南京火車站站北廣場東邊，屬于鐵路南京火車站綜合樞紐的重要組成部分。

5、高淳汽車客運站位于南京市高淳區淳溪街道北嶺路及丹陽湖北路交會處，于2004年國慶正式營運，按國家交通部二級車站標準建設，占地面積3萬平方米，擁有1萬平方米的候車室。

參考資料來源：百度百科-南京馬群汽車站

參考資料來源：百度百科-南京中華門汽車站

參考資料來源：百度百科-南京葛塘客運站

參考資料來源：百度百科-南京汽車客運站

參考資料來源：百度百科-高淳汽車客運站