農村合作醫療繳費有鄉、村干部上門集中收繳、村集體經濟代繳、農民主動到鄉鎮新農合經辦機構繳納、網上繳費等四種方式：

1、鄉鎮干部集中收繳辦法：農民持新型農村合作醫療證明和戶口簿到村、組指定地點辦理參合登記，填寫參合人員繳費登記表，經辦人員審核，收取農民個人參合資金，并出具省財政廳統一印制的新農合收繳收據。

2、村集體經濟支付方式：鼓勵村集體經濟好的村統一支付參與資金。村負責人持新型農村合作醫療登記簿和戶口簿到鄉鎮新型農村合作醫療機構填寫、匯總參合人員繳費參合登記表，經辦人審核、匯總個人參合情況并出具由省財政廳統一印制的新型農村合作醫療繳費收據。

3、農民對新型農村合作醫療機構的繳費方式：農民持新型農村合作醫療證明和戶口簿到新型農村合作醫療機構，填寫參合人員繳費參合登記表，經辦人審核并收取農民個人參合資金，并根據下發省財政廳統一印制的新型農村合作醫療征收書。

4、網上繳費。參保人員登錄勞動保障局官網繳費。

注意事項：

1、一般來說，時間安排在每年9月上旬，一直持續到12月中旬和下旬。因為各地的情況不同，會有差異。要讓新農合的朋友們記住要注意時間。

2、如果有一本存折，并且之前扣款成功，則第二年的費用將從一本存折中扣除，而不在存折上存錢。一本存折多扣少扣的，請在當年11月20日（陽歷）前持戶口本和一本存折，存折到農村合作醫療機構登記，縣合作醫療機構退錢。