一、證照的數量不同

三證合一將企業依次申請的工商營業執照、組織機構代碼證和稅務登記證三證合為一證，提高市場準入效率。

三證合一的效果是化繁為簡，降低行政成本，提高企業創業活力，鼓勵投資，降低交易成本。結束了過去工商登記信息，質監局組織機構代碼，稅務局稅務信息之間的孤島現象，這樣就為下一步全國范圍內的信用信息整合打下基礎。

二、頒發機構的變化

通過“一口受理、并聯審批、信息共享、結果互認”，將由三個部門分別核發不同證照，改為由一個部門核發加載法人和其他組織統一社會信用代碼的營業執照。

三證合一后的統一代碼及其9位主體標識碼（組織機構代碼）在全國范圍內是唯一的。一個主體只能擁有一個統一代碼，一個統一代碼只能賦予一個主體。主體注銷后，該代碼將被留存，保留回溯查詢功能。

三、信息溝通的流暢度不同

“三證合一”制度改革，除大力減少前置審批外，還需要建立一個全國統一的面向質監、稅務、工商、公安、社會保障等各級組織機構的信息共享平臺，通過對資源信息共享交換技術，實現電子政務系統跨平臺、跨應用、跨系統、跨地區的資源數據互聯互通和信息共享，為部門間信息交換、加強事中事后監管創造條件。

參考資料來源：百度百科-三證合一