PH值不同,前者主要表現為濃縮效用,后者表現為電荷效用和分子篩效用. 濃縮效應主要在濃縮膠中完成,濃縮膠的pH6.8 ,在這個pH條件下,緩沖液中的HCl的Cl離子幾乎全部解離, Gly的等電點為 6.0 ,僅少數解離為負離子,在電場中移動速度很慢.酸性蛋白質在此pH下解離為負離子,三類離子的遷移速率為Cl一般蛋白質Gly ,電泳開始后,Cl離子泳動快,在其后留下一個低離子濃度區. Gly在電場中移動很慢,造成移動離子的缺乏,于是快慢離子間就形成了一個缺少離子的高壓區,在高壓區內所有的負離子都會加速移動,當移到Cl離子區域時,高電壓消失,蛋白質的移動速度慢下來,當以上穩定狀態建立后,蛋白質樣品在快慢離子間被濃縮形成一個狹小的之間層,并按蛋白質所帶負電荷量的多少依次排列成帶,濃縮樣品,從濃縮膠進入分離膠后,膠的pH升高, Gly的離解度增大,泳動率上升,又因為它分子小,故超過所有的蛋白質分子,緊跟在Cl離子后,Cl離子遷移后,低離子濃度不再存在,形成了恒定的電場強度,因此,蛋白質樣品在分離膠中的分離主要取決于它的電荷性質,分子大小和形狀,分離膠的孔徑有一定大小,對不同相對質量的蛋白質來說,通過時收到的滯阻作用不同,即使靜電荷相等的顆粒,也會由于這種分子篩的效應,把不同大小的蛋白質相互分開.