上級政府職能部門與下級政府職能部門之間的關(guān)系，一般為領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系和指導(dǎo)關(guān)系。 一種是領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系，即上下級行政機關(guān)之間的命令與服從關(guān)系。在領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系中，上級行政機關(guān)享有命令、指揮和監(jiān)督等項權(quán)力，有權(quán)對下級機關(guān)違法或不當(dāng)?shù)臎Q定等行為予以改變或撤銷。下級行政機關(guān)有服從、執(zhí)行上級行政機關(guān)決定、命令的義務(wù)，不得違背或拒絕，否則就要承擔(dān)一定的法律后果。比如，海關(guān)、金融、國稅、公安等，上下級只能部門之間是領(lǐng)導(dǎo)與被領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)系。上下級行政機關(guān)之間的領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系具體又有垂直領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系和雙重領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系兩種類型。垂直領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系中的行政機關(guān)，一般只直接接受某個上級行政機關(guān)的領(lǐng)導(dǎo)，如地方海關(guān)只接受海關(guān)總署領(lǐng)導(dǎo)。雙重領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系中的行政機關(guān)則要同時接受兩個上級行政機關(guān)的直接領(lǐng)導(dǎo)，如地方各級公安機關(guān)既要接受上級公安機關(guān)的領(lǐng)導(dǎo)，又要接受本級人民政府的領(lǐng)導(dǎo)。 另一種是指導(dǎo)關(guān)系，即上下級行政機關(guān)之間的一種行業(yè)或業(yè)務(wù)上的指導(dǎo)與監(jiān)督關(guān)系。在指導(dǎo)關(guān)系中，上級主管部門享有業(yè)務(wù)上的指導(dǎo)權(quán)和監(jiān)督權(quán)，但沒有對下級行政機關(guān)的直接命令、指揮權(quán)。絕大多數(shù)政府部門上下級之間，均是這種關(guān)系。比如人事勞動社保、衛(wèi)生、發(fā)改等等。