從法律意義而言，它們最主要的一個區別在于是否具有行政主體的地位。國務院組成部門沒有獨立的行政主體地位（除非有法律,法規的授權.）國務院直屬機構有著獨立的行政主體資格.?

中華人民共和國國務院組織法????

第八條國務院各部、各委員會的設立、撤銷或者合并，經總理提出，由全國人民代表大會決定；在全國人民代表大會閉會期間，由全國人民代表大會常務委員會決定。第九條各部設部長一人，副部長二至四人。各委員會設主任一人，副主任二至四人，委員五至十人。

各部、各委員會實行部長、主任負責制。各部部長、各委員會主任領導本部門的工作，召集和主持部務會議或者委員會會議、委務會議，簽署上報國務院的重要請示、報告和下達的命令、指示。副部長、副主任協助部長、主任工作。

第十條各部、各委員會工作中的方針、政策、計劃和重大行政措施，應向國務院請示報告，由國務院決定。根據法律和國務院的決定，主管部、委員會可以在本部門的權限內發布命令、指示和規章。

第十一條國務院可以根據工作需要和精簡的原則，設立若干直屬機構主管各項專門業務，設立若干辦事機構協助總理辦理專門事項。每個機構設負責人二至五人。???

國務院行政機構設置和編制管理條例?

第六條國務院行政機構根據職能分為國務院辦公廳、國務院組成部門、國務院直屬機構、國務院辦事機構、國務院組成部門管理的國家行政機構和國務院議事協調機構。國務院辦公廳協助國務院領導處理國務院日常工作。??

國務院組成部門依法分別履行國務院基本的行政管理職能。國務院組成部門包括各部、各委員會、中國人民銀行和審計署。???

國務院直屬機構主管國務院的某項專門業務，具有獨立的行政管理職能。???

也就是說，組成部門管的是國務院的基本事務，也就是國家的基本職能，比如說外交、國防、教育等等，而直屬機構是國務院根據工作需要設立的，管理一些專門的業務。???

另外，國務院組織法第二條國務院由總理、副總理、國務委員、各部部長、各委員會主任、審計長、秘書長組成。???

國務院組成部門的老大是國務院組成人員，而直屬機構的老大就不是，直屬機構的法律地位低于各部委，其負責人也不是國務院的組成人員，他們的任免由國務院自行決定。

參考資料

華律網.華律網[引用時間2018-5-4]