原因大致有以下幾點：1.與捕食有關美國伍茲霍爾海洋研究所的科學家發現，許多擱淺致死的抹香鯨的骨骼都出現了骨頭壞死現象。科學家認為，這可能是由于它們浮上海面的過程過快。抹香鯨能潛到水下3200多米深的地方捕食。如果它們突然迅速浮上淺海，體液中的氮氣就會涌出形成氣泡。如果氣泡糾結在組織中壓迫神經，就會阻塞毛細血管，導致其肌肉缺氧。抹香鯨“自殺”很可能是他們覓食時升水過急而付出的代價。2.中了輪船的毒日本學者巖田久人在擱淺致死的動物尸體中檢測到了高濃度的三丁基錫、三苯基錫等有機錫毒物。這些毒物來自于航海公司每年在船底涂刷的涂料。他認為，鯨魚或海豚喜歡沿著船舶航線游戲追鬧，它們的神經系統和內臟首當其沖受到溶于水中的有機錫涂料的毒害，辨別方向的功能遭摧毀，從而擱淺身亡。3.太陽活動干擾鯨魚定位阿根廷學者對發生于1997年馬爾維納斯群島海岸約300頭鯨魚集體自殺事件分析后認為，當時太陽黑子的強烈活動引起了地磁場異常，發生了“地磁暴”，這破壞了正在洄游的鯨魚的回波定位系統，令其犯下“方向性”的錯誤。