關于人面魚紋的代表含義主，要有以下幾種說法：圖騰說：有專家認為，在原始社會生活中，圖騰崇拜是精神生活和原始信仰寄托的象征。因此人們的藝術活動里，圖騰徽號往往被刻在某些器物上。半坡人靠水而居，因此半坡彩陶上的魚紋可能就是半坡圖騰崇拜的徽號。人與魚組合畫在一起，代表著人與魚是不可分的，你中有我，我中有你，共生共存。權力象征說：也有專家認為，人面魚紋是在一定范圍內具有權威性的有所特指的圖像，在很大程度上是權力的象征。在氏族部落里，誰持有這個圖像，誰就會成為氏族的首領，就具有了對其他人絕對的統治能力，具備支配其它人的神圣權力。面具說：在原始社會里，人們對很多自然現象都感到無法理解。為了驅逐內心的恐懼感或者是祈求上蒼的祝福，便產生了專門祈福驅邪的“巫師”。“巫師”在作法時要戴著面具，以顯示神圣、莊重和神秘。人面魚紋盆便是這樣一種面具。外星人形象說：還有不少人認為人面魚紋圖案所代表的形象在地球上是并不存在的，有可能是在6000多年前，一些外星人光臨過地球，而這個人面魚紋便是它們的形象，也有可能人面魚紋盆是它們戴的帽子。祖先形象說：在原始社會，先民們對自己“從何而來”感到非常神秘。由于臨水而居，他們認為自己的祖先最初就是魚的形象。在他們的心目中，他們把祖先已經化為“魚神”頂禮膜拜，以示尊敬。“仁者見仁，智者見智，至今也沒有一種觀點被大多數人所接受。目前研究人面魚紋和相關的左證資料還十分有限，加之時代久遠，其神秘和出現如此多種觀點就不足為奇了，但這也正是該圖案的神奇魅力所在。”