農業部對水產養殖戶的扶持政策有:1.漁用柴油漲價補貼。漁業柴油補貼政策是黨中央、國務院出臺的一項重要的強漁惠漁政策，是漁業歷史上獲得的資金規模最大、受益范圍最廣、對漁民最直接的中央財政補助，是中央“三農”政策在漁業的具體體現。2006年~2012年，中央財政共下達漁業柴油補貼資金728.78億元，占全部補貼資金的81.66％，在幾個補貼行業中資金量位居首位。但需要說明的是，在淡水漁業中，只有淡水捕撈漁船可以享受到這一政策，一般的淡水養殖業很少能享受該政策。2.漁業資源保護和轉產轉業財政項目。大宗淡水魚涉及此項目的為其中的水生生物增殖放流。該項目以省及計劃單列市為單位安排資金，對水生生物資源衰退嚴重或生態荒漠化嚴重水域，以及放流技術成熟、苗種供應充足、增殖效果明顯、漁民受益面大的品種，在增殖放流資金安排上給予重點支持。3.漁業互助保險保費補貼。“十六大”以來，在中央出臺一系列推動農業政策保險發展的指導意見的背景下，漁業保險的探索步伐不斷加快。2008年5月，農業部正式啟動漁業互助保險中央財政保費補貼試點工作。試點險種確定為漁船全損互助保險和漁民人身平安互助保險，中央財政分別補貼保費的25％，漁民人身平安互助保險最高補貼保險金額每人20萬元。漁船全損互助保險試點區域為遼寧省、山東省、江蘇省、福建省、廣東省、海南省部分重點漁區。漁民人身平安互助保險試點區域為浙江省岱山縣。2009年8月，扛蘇省正式啟動漁業政策性保險，為有效控制經營風險，確保漁業政策性保險試點工作達到預期目標，該省探索出了一種新型保險組織模式——省財政對參加漁業保險試點的投保漁民給予投保保費25％的補貼的基礎上，將漁業互助保險年度保費“打包”再保險，即漁業互助保險巨災超賠再保險。4.發展水產養殖業補貼。(1)水產養殖機械補貼。2008年，農業部和財政部預撥下達2008年農機購置補貼款40億元。與2007年相比，補貼資金規模擴大的同時，擴大了農機具購置補貼種類。其中，增氧機、投餌機和清淤機3類水產養殖機械首次納入補貼目錄。(2)水產良種補貼。水產良種補貼的起步是2006年的《水產養殖業增長方式行動實施方案》中提出要“開展國家級水產原良種場運行機制調研，探討水產良種補貼方法”。2007年農業部水產健康養殖及水產良種補貼政策調研組奔赴各地進行調研取證，一些地方的水產良種補貼已經啟動，但大多數涉及的是經濟價值較高的淡水魚類。(3)養殖基地補貼。山東省深入推進養殖池塘標準化建設工程，計劃用5年~8年時間，整理改造老舊魚塘350萬畝，新開發魚塘150萬畝，形成500萬畝現代漁業生產基地。僅2007年、2008年兩年省級財政投入就達3000余萬元，改造池塘12萬畝，新開發池塘2萬畝。5.漁業貸款貼息。水產養殖業貸款貼息目前只在局部地區自行開展，主要對災害造成的再生產能力下降、對符合地方發展要求的企業技改、新產品開發、固定資產投資等給予貸款貼息。(1)漁業救災復產貸款貼息。2008年2月，廣東省江門市財政安排200萬元貸款貼息補助專項資金，按受災經濟損失比例分配給各市、區，各市、區政府按不少于1∶1的比例配套專項資金，支持轄區內因2008年初寒冷天氣造成嚴重損失的水產養殖戶(場)救災復產。貸款期限由農信社和受災水產養殖尸根據需要和實際生產周期自行確定，貼息貸款補助期限為1年。當受災水產養殖尸貼息總額小于或等于兩級政府安排的貼息資金總額時，實行全額貼息；當受災水產養殖戶貼息總額大于兩級政府安排的貼息資金總額時，則按比例實行部分貼息。2008年10月，廣東省陽江市出臺了漁業復產貼息貸款工作方案，支持遭受臺風“黑格比”重創的漁業救災復產。市本級財政安排補助專項資金1500萬元，專項用于轄區內受災戶，尤其是“全倒戶”、養殖受災(損失10萬元以上)大戶和大船(60匹馬力以上)船主的恢復生產性貸款，符合條件的，由市、縣(市、區)財政按7∶3的比例給予1年期貸款貼息。2009年7月，福建省清流縣向受特大洪災影響的養魚戶發放貼息貸款。由“清流溪魚”發展協會擔保，依托清流農行“惠農卡”，采取3戶~4戶聯貸方式，由縣財政支付利息，給予每產受災養魚專業戶5萬元的3年授信貸款。漁業企業技改、新產品開發貸款貼息，養殖業貸款貼息，水產龍頭企業貸款貼息等。2009年，福建省根據相關規定，認定77家企業為省2009年~2010年度水產產業化龍頭企業。這些企業將在兩年內享受到10萬元的貸款貼息補貼。湖北省洪湖市從2009年起，對符合該市水產品加工業發展方向的重點投資項目實行財政貸款貼息和有償扶持相結合，首次固定資產投資超過2000萬元，屬于貸款建設的項目，實行全額貸款貼息，貼息期1年~3年。2006年，海南省海口市出臺《海口市本級財政支農貸款貼息資金管理暫行辦法》，對區域內從事水產品培育、生產、加工和流通等項目的個人、企業及其他組織提供財政支農貸款貼息資金。養殖面積達10畝以上的水產養殖專業尸可獲得不超過50萬元的財政支農貸款年貼息資金，養殖面積達50畝以上的企業及其他組織可獲得的財政支農貸款年貼息資金不超過100萬元，貼息期限為1年~3年。6.稅收優惠。為支持引進和推廣良種，加強物種資源保護，發展優質、高產、高效漁業，我國在“十一五”期間對用于培育、養殖以及科學研究與實驗的進口魚種(苗)免征進口環節增值稅。為降低2008年南方低溫雨雪冰凍災害給水產養殖業造成的重大損失，2008年度增加“其他魚苗及其卵”免稅計劃4000萬尾(粒)。