國務院機構包括國務院組成部門、國務院直屬機構、國務院直屬特色機構、國務院辦事機構、國務院直屬事業單位、國務院部委管理的國家局和國務院議事協調機構，國家發展和改革委員會屬于國務院組成部門，海關總署屬于國務院直屬機構。

中華人民共和國國務院，即中央人民政府，是最高國家權力機關的執行機關，是最高國家行政機關。國務院由總理、副總理、國務委員、各部部長、各委員會主任、審計長、秘書長組成。國務院實行總理負責制。各部、各委員會實行部長、主任負責制。

部門設置：2018年3月22日 《國務院關于機構設置的通知》規定部門設置如下:國務院設置辦公廳、國務院組成部門（26個）、國務院直屬特設機構（1個）、國務院直屬機構（16個）、國務院辦事機構（2個）、國務院直屬事業單位（9個）、國務院部委管理的國家局（16個）。

中華人民共和國國務院辦公廳：國務院辦公廳是協助國務院領導同志處理國務院日常工作的機構， 是為協助國務院領導同志處理國務院日常工作的機構。

強化服務職責，加強應急、督查工作，進一步發揮參謀助手和運轉樞紐作用。增加指導、監督全國政府信息公開工作的職責。

除了國務院辦公廳外，國務院還有其他25個組成部門，包括中國人民銀行、自然資源部、教育部、司法部、公安部、、人力資源和社會保障部、民政部、財政部、水利部、應急管理部、工業與信息化部、商務部、審計署、退役軍人事務部、文化和旅游部、安全部、發改委等25個部委。

國務院直屬特設機構：國務院國有資產監督管理委員會是根國務院直屬正部級特設機構，代表國家履行出資人職責。根據黨中央決定，國有資產監督管理委員會成立黨委，履行黨中央規定的職責。 國有資產監督管理委員會的監管范圍是中央所屬企業（不含金融類企業）的國有資產。

國務院直屬機構：海關總署、體育總局、市場管理總局、國家國際發展合作署、國務院參事室、稅務總局、國家廣播電視總局、國家統計局、國家醫療保障局、國家機關事務管理局。國家市場監督管理總局對外保留國家認證認可監督管理委員會、國家標準化管理委員會牌子。

國務院直屬事業單位：新華通訊社、中國社會科學院、國務院發展研究中心、中國氣象局、中國證券監督管理委員會、中國科學院、中國工程院、中央廣播電視總臺、中國銀行保險監督管理委員會，

國家行政學院與中央黨校，一個機構兩塊牌子，作為黨中央直屬事業單位。

國務院部委管理的國家局：國家信訪局（由國務院辦公廳管理）、國家能源局（由國家發展和改革委員會管理）、國家煙草專賣局（由工業和信息化部管理）、中國民用航空局（由交通運輸部管理）、國家文物局（由文化和旅游部管理）、國家煤礦安全監察局（由應急管理部管理）。

國務院議事協調機構：國務院議事協調機構是國務院行政機構根據職能劃分的一個部門。承擔跨國務院行政機構的重要業務工作的組織協調任務。