1、意義不同：

有安全生產許可證，雖然被扣證但也屬于有證合法企業。

未取得安全生產許可證，就是無證不合法企業。

2、手續不同

暫扣后當恢復安全生產條件了，證就可以取回。

無證就意味著還要走一遍取證行政手續。

擴展資料：

暫扣安全生產許可證處罰視事故發生級別和安全生產條件降低情況，按下列標準執行：

（一）發生一般事故的，暫扣安全生產許可證30至60日。

（二）發生較大事故的，暫扣安全生產許可證60至90日。

（三）發生重大事故的，暫扣安全生產許可證90至120日。

建筑施工企業在12個月內第二次發生生產安全事故的，視事故級別和安全生產條件降低情況，分別按下列標準進行處罰：

（一）發生一般事故的，暫扣時限為在上一次暫扣時限的基礎上再增加30日。

（二）發生較大事故的，暫扣時限為在上一次暫扣時限的基礎上再增加60日。

（三）發生重大事故的，或按本條（一）、（二）處罰暫扣時限超過120日的，吊銷安全生產許可證。

12個月內同一企業連續發生三次生產安全事故的，吊銷安全生產許可證。

參考資料來源：百度百科-安全生產許可證條例