1、行政級別不同

福州市的行政級別是地級市，福清市的行政級別是縣級市。

2、行政管理上級不同

福州市隸屬于福建省，由福建省直管，福清市隸屬于福建省，由福州市代管。

福州，別稱榕城，簡稱福、榕，隸屬于福建省，位于福建省東部、閩江下游及沿海地區，是福建省省會，福建省的政治、文化、交通中心，海峽西岸經濟區中心城市之一。

福清（古屬福州府福清縣），福建省轄縣級市，由福州市代管。簡稱“融”，雅稱玉融。位于福建省東部沿海，地處福建省海峽西岸經濟區中部樞紐和省會中心城市福州南翼，素有“文獻名邦”之稱譽。

3、下轄區域不同

截至2019年，福州市轄鼓樓、臺江、倉山、晉安、馬尾、長樂6個區，閩侯、連江、羅源、閩清、永泰、平潭6個縣，以及縣級市福清。

截至2019年，福清市下轄7個街道、17個鎮，設立52個社區、438個村：玉屏街道、龍山街道、龍江街道、音西街道、宏路街道、石竹街道、陽下街道，海口鎮、城頭鎮、南嶺鎮、龍田鎮、

江鏡鎮、港頭鎮、高山鎮、沙埔鎮、三山鎮、東瀚鎮、漁溪鎮、上逕鎮、新厝鎮、江陰鎮、東張鎮、鏡洋鎮、一都鎮。

4、政府駐地不同

福州市政府駐地為鼓樓區安泰街道烏山路24號；

福清市政府駐玉為屏街道一拂街114號。

5、氣候條件不同

福州屬典型的亞熱帶季風氣候，氣溫適宜，溫暖濕潤，四季常青，陽光充足，雨量充沛，霜少無雪，夏長冬短，無霜期達326天。

福清南近北回歸線，屬南亞熱帶海洋性氣候，溫暖濕潤，夏無酷暑，冬無嚴寒，年平均氣溫21.1°C。

參考資料來源：百度百科—福州

參考資料來源：百度百科—福清