單純的這個內部培訓協議是合法的。

如果不夠3年就扣除你近2000元工資屬于違約金，但是違約金不得高于單位培訓你的剩余費用。

而且還有一個很重要的問題，單位沒有根據協議給你漲工資，這個屬于單位違約，既然單位違約你也就沒有必要遵守這個三年之約，單位也就沒有資格扣你工資了，把這個協議收好，這個是重要的證據。

根據《中華人民共和國勞動合同法》第二十二條　

用人單位為勞動者提供專項培訓費用，對其進行專業技術培訓的，可以與該勞動者訂立協議，約定服務期。

勞動者違反服務期約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。違約金的數額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期尚未履行部分所應分攤的培訓費用。

用人單位與勞動者約定服務期的，不影響按照正常的工資調整機制提高勞動者在服務期期間的勞動報酬。

擴展資料：

第二十三條?用人單位與勞動者可以在勞動合同中約定保守用人單位的商業秘密和與知識產權相關的保密事項。

對負有保密義務的勞動者，用人單位可以在勞動合同或者保密協議中與勞動者約定競業限制條款，并約定在解除或者終止勞動合同后，在競業限制期限內按月給予勞動者經濟補償。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。

第二十四條?競業限制的人員限于用人單位的高級管理人員、高級技術人員和其他負有保密義務的人員。競業限制的范圍、地域、期限由用人單位與勞動者約定，競業限制的約定不得違反法律、法規的規定。

在解除或者終止勞動合同后，前款規定的人員到與本單位生產或者經營同類產品、從事同類業務的有競爭關系的其他用人單位，或者自己開業生產或者經營同類產品、從事同類業務的競業限制期限，不得超過二年。

第二十五條?除本法第二十二條?和第二十三條?規定的情形外，用人單位不得與勞動者約定由勞動者承擔違約金。

參考資料：

《中華人民共和國勞動合同法》——百度百科