在質粒提取實驗中，溶液二變得粘稠的原因是DNA和蛋白質在其中的反應。當這些生物大分子與溶液混合時，細菌被溶解，蛋白質和DNA經歷變性并溶解在溶液中，導致溶液的粘稠度顯著提高，形成絲狀物質。NaOH在此過程中起著關鍵作用，它能破壞細胞膜并釋放DNA，而在SDS的幫助下，堿性條件更為強烈，進一步瓦解脂質雙層膜結構。

操作時需要注意的是，加入溶液II的過程不宜過長，以免DNA在堿性條件下分解。同時，混合時務必輕柔，以免造成DNA污染。另外，細菌需要充分懸浮，否則剩余菌體可能導致后續步驟的困難。在加入洗脫緩沖液時，最好選擇60℃的水，以提高效果。如果菌體不完全懸浮，會增加后續蛋白質殘留的問題。在使用CsCl溶解DNA時，要精確測量并均勻混合，以防止形成沉淀。

總的來說，溶液二的粘稠性是質粒提取過程中一個重要的觀察指標，它反映了DNA處理的進度和效果，同時也需要在操作中加以控制和優化。