二次退稅操作流程如下：

1、了解退稅政策：企業在進行二次退稅操作前，需要詳細了解相關的退稅政策和規定，以及退稅的具體流程和要求；

2、準備退稅資料：企業需要準備好相關的退稅資料，包括原始單據、進出口合同、發票、物流單據等，以及經過認證、核銷的退稅申請表；

3、提交退稅申請：企業需要在規定的時間內，將退稅申請表和相關的退稅資料提交給海關或稅務局。在提交申請時，企業需要仔細核對和填寫退稅資料，確保準確無誤；

4、審核退稅申請：海關或稅務局會對企業提交的退稅申請進行審核，核實相關資料的真實性和合法性。如果退稅申請符合規定，海關或稅務局會予以批準，并通知企業進行二次退稅操作；

5、進行二次退稅操作：企業在獲得退稅批準后，需要在規定的時間內進行二次退稅操作。具體操作包括辦理退稅手續、繳納相關稅款、領取退稅憑證等；

6、提交退稅憑證：企業需要將退稅憑證提交給海關或稅務局，以證明企業已經進行了二次退稅操作。海關或稅務局會對退稅憑證進行審核，核實企業的二次退稅操作是否符合規定。

二次退稅的后果：

1、審核風險增加：二次退稅的行為可能引起稅務機關的疑慮和審查，企業需要提交更多的證明材料，審核難度增加，審核周期也會相應延長；

2、違法風險增加：如果企業通過虛構退貨、折扣等行為來申請二次退稅，將會涉嫌違法，一旦被發現，將會面臨稅務機關的行政處罰，如罰款、吊銷營業執照等；

3、影響企業信譽：頻繁申請二次退稅可能會給稅務機關留下企業經營不規范、信用差等不良印象，影響企業的信譽和聲譽；

4、降低企業效率：二次退稅需要企業花費較多的人力、物力和財力進行準備和申請，會影響企業的經營效率和正常經營活動。

綜上所述，二次退稅需要企業按照規定的流程和要求進行操作，準備好相關的退稅資料，并在規定的時間內提交退稅申請。

【法律依據】：

《中華人民共和國稅收征收管理法》第五十一條

納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現后應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實后應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。