菜籽枯發酵方法非常簡單，地上先鋪墊一層薄膜，然后將菜籽餅攤在上面，用40℃左右的溫水噴灑，等濕潤后用手粉碎開備用。

之后再用化開的酒餅（發酒用的酵母）與地上的菜籽餅攪拌均勻，然后將裝入土中用薄膜密封好置于陰暗處存放，外部最好用秸稈或者禾稈草覆蓋保溫下，夏天8天時間可發酵腐熟透，冬天時需要15天才能發酵腐熟透。

菜籽枯不可以不發酵直接當肥料用。

菜籽枯在生活中十分的常見，一般來說未經發酵的菜籽枯，一旦施入土壤，水分不足，不能分解，失去肥效。未經發酵菜籽枯施入土壤后，遇水分解發出熱能，而導致燒傷根系，致植株死亡。未經發酵菜籽枯施入土壤后，沒有水分分解。

將會導致引發各種蟲害入侵土壤中啃食掉菜籽枯，特別是螞蟻，而且起螞蟻窩，甚至啃食須根系，引發各種病害。以并還是諸多不利因素影響。菜籽枯含有多種養分、氮、磷、鉀、鋅、鐵、銅、鉬、硼等等的各種元素，必須要經過發酵后，才能施加入土壤，被作物吸收，輸送和利用。