正相分配色譜：流動相極性小于固定相極性。極性小的組分先流出，極性大的組分后流出。用于分離極性及中等極性物質。

反相分配色譜：流動相極性大于固定相極性。極性大的組分先流出，極性小的組分后流出。應用廣泛，用于分離非極性至中等極性物質。

離子對反相色譜：在流動相中加入有機離子對試劑，用于有機酸、堿、鹽的分離。

離子抑制色譜：調整流動相ph，抑制組分的解離。

按兩相的物理狀態可分為：

氣相色譜法(GC)和液相色譜法(LC)。氣相色譜法適用于分離揮發性化合物。GC根據固定相不同又可分為氣固色譜法(GSC)和氣液色譜法(GLC)，其中以GLC應用最廣。液相色譜法適用于分離低揮發性或非揮發性、熱穩定性差的物質。LC同樣可分為液固色譜法(LSC)和液液色譜法(LLC)。此外還有超臨界流體色譜法(SFC)。

它以超臨界流體（界于氣體和液體之間的一種物相）為流動相（常用CO2），因其擴散系數大，能很快達到平衡，故分析時間短，特別適用于手性化合物的拆分。