個人獨資企業與有限責任公司(自然人獨資)在多個方面存在顯著差異。首先，出資人構成不同：個人獨資企業僅限于自然人出資，而一人公司則更靈活，允許自然人、法人甚至國家出資。其次，法律地位有別：個人獨資企業是非法人組織，不具備法人資格，而一人公司作為公司的子類，具備企業法人的屬性。

在責任承擔上，個人獨資企業的投資者需要對企業的債務承擔無限責任，這意味著投資者的個人財產可能被用于償還債務。相比之下，一人公司的投資者以其出資額為限對公司債務負責，風險相對較低。注冊資本方面，個人獨資企業沒有最低要求，而一人公司則規定最低注冊資本為10萬元，且要求在公司設立時一次性繳足。

設立法律依據上，個人獨資企業的相關規定源自《個人獨資企業法》，而一人公司的法規則依據更全面的公司法。總的來說，個人獨資企業更為靈活但也承擔更大風險，而一人公司則在法律保護和責任限制上更為嚴謹。這兩種企業形式的選擇取決于投資者的風險承受能力和經營策略。