質粒DNA提取與細胞基因組DNA提取在目標提取、原理和復雜性上存在顯著差異，但都共享著某些基本步驟。

不同點：

提取方法：質粒DNA主要采用CTAB法，物理方式包括玻璃珠法、超聲波、研磨和凍融，化學方法有異硫氰酸胍法和堿裂解法，還有酶法；而細胞基因組DNA提取則更為廣泛，需要考慮核酸完整性、有機溶劑和金屬離子的控制，以及去除其他生物大分子和RNA。

提取原理：質粒DNA提取涉及三種特定溶液和硅酸纖維膜，過程相對明確；細胞基因組DNA提取則要求更嚴格的控制條件和步驟，如SDS裂解、酶降解和多重除蛋白步驟，以確保純度。

復雜程度：質粒DNA提取較為簡單，通常通過沸水浴和堿裂解完成，過程清晰明了；而細胞基因組DNA提取過程冗長，涉及多個步驟和條件選擇，如革蘭氏陽性細菌的特殊處理。

相同點：

無論質粒還是細胞基因組DNA，兩者提取的核心目標都是去除RNA、蛋白質和其他雜質，以確保最終產物的純度。