古生菌與真細菌在細胞結構上存在顯著差異，尤其是在細胞壁和細胞膜的構成上。首先，古生菌的細胞壁由多糖、糖蛋白和蛋白質組成，其中以類結晶表面層最為常見。相比之下，真細菌的細胞壁主要由肽聚糖構成，G+細菌可能含有磷壁酸，而G-細菌則包含較少的肽聚糖和脂多糖等成分。

在細胞膜上，古生菌的磷脂結構獨特，其疏水尾由異戊二烯重復單位組成，與親水頭（甘油）通過醚鍵連接，且側鏈由不同化合物構成，與細菌和真核生物的脂肪酸側鏈有所不同。這種差異反映了古生菌細胞膜的多樣性和復雜性。

盡管人們過去將某些古生菌如產甲烷菌和嗜熱菌歸為真細菌，但隨著科技的進步，如細胞化學分析和分子生物學方法的應用，特別是16SrRNA序列分析的不斷完善，我們對古生菌的分類有了更深的認識。古生菌被分為四個主要亞群，每個亞群都代表了獨特的生態特性和進化關系，從還原硫的泉古生菌界到極端嗜熱、嗜鹽和嗜酸的熱源體，這些分類都揭示了古生菌的廣闊多樣性。

參考資料：百度百科-古生菌、百度百科-真細菌