商家拒收某些快遞公司的商品退貨，主要出于成本控制和操作便利性的考量。當退貨原因是商品質量問題時，賣家需要承擔運費，選擇費用高昂的快遞公司會顯著增加他們的成本。例如，順豐快遞起步價高，如果退貨費用由買家承擔，賣家自然會傾向于選擇運費較低的快遞。

此外，商家的倉庫設施也可能影響他們的選擇。如果某個快遞公司的配送服務不便利，例如到達率低或送貨時間過長，商家自然不愿意接受。像EMS，雖然價格較低，但速度較慢，可能會影響商家的處理效率。

當買家承擔運費退貨時，如果快遞公司能保證合理的運輸時限并能覆蓋商家地址，商家通常不會拒絕。但如果買家選擇的快遞無法達到這些要求，比如賣家未收到貨，他們可能會拒絕退款。此時，買家需要再次安排退貨，直到賣家確認收貨并退款，整個過程對賣家來說較為繁瑣。

在淘寶的規定下，如果賣家同意退款但未在規定時間內確認收貨，系統會自動處理退款。因此，買家只需確保與賣家達成一致并按照流程操作，賣家的拒收行為并不影響退款流程的正常進行。