當涉及到造價工程師的工程結算時，預付款的扣回是基于工程的實際情況和預付款的初衷。預付款的本質是建設單位為施工企業提供備料周轉資金，涵蓋材料儲備和準備，以及組織人員和臨時設施等費用，實質上是一種無息貸款。

預付款的扣回機制是這樣的：當工程的已完成部分和未完成部分所需材料的價值相等于預付款總額時，就開始逐步扣除。在每次結算工程價款時，會根據材料在工程總價值中的比例來計算扣款額度，直至預付款在竣工前全部扣完。具體計算方法如下：

未完工程所需主材總值=未完工程價值×主要材料比重=預付備料款

計算未完工程價值=預付備料款÷主要材料比重

起扣時的已完成工程價值=施工合同總值-未完工程價值

因此，即使結算過程中已經扣回了一部分預付款，如果工程還有未完成部分需要材料支持，剩余的預付款仍會繼續按照上述邏輯進行扣減。這是工程財務管理中的正常操作，確保了建設單位和施工企業的權益平衡。