地址不同、創建時間不同、站臺規模不同。高鐵南寧東站和南寧站區別在于：地址不同：南寧站位于南寧市西鄉塘區中華路82號，南寧東站位于南寧市青秀區長虹路66號。始建時間不同：南寧站于1951年2月25日開站，南寧東站于2012年7月25日開工建設，2014年12月26日正式開通運營。站臺規模不同：南寧站的站臺規模是7臺13線，南寧東站的站臺規模是13臺30線。南寧站是中國鐵路南寧局集團有限公司管轄的一座特等站，是南寧鐵路樞紐的重要組成部分，也是西南出海大通道和中國-東盟國際經貿大通道的鐵路交通樞紐。南寧站是一個集客貨運輸業務與一體的特等車站，是廣西主要客流和重要物資集散地，擔負著華南與大西南經濟區域客貨運輸的重任。南寧東站是中國鐵路南寧局集團有限公司管轄的一座客運車站，是西南最大規模的綜合性鐵路交通樞紐，同時也是集高鐵、普速、公交、長途客運于一體的特大型綜合交通樞紐站。